Систематизація даних, що характеризують фактичний стан системи управління матеріальними потоками, і симптомів причин проблемної ситуації дозволяє спланувати варіанти вирішення проблеми.

Вибір оптимального варіанту робиться в чотири етапи. На першому встановлюється можливість повного або часткового рішення проблеми, на другому формуються варіанти рішень, на третьому запропоновані варіанти порівнюються між собою і оцінюються з точки зору вибраних критеріїв, нарешті, на четвертому етапі вибирається варіант вирішення проблеми і здійснюється перевірка отриманого результату.

Результат рішення на кожному етапі може мати два значення, що визначають подальший хід дослідження. Після закінчення першого етапу вирішення проблеми можливий один з двох варіантів дій : підготовка часткового рішення або проведення перевірки повного рішення проблеми. Кожна з цих робіт, у свою чергу, може привести і до позитивних, і до негативних результатів. Так, якщо повне рішення неможливе, гілка з негативним результатом веде до часткового рішення, а гілка з позитивним результатом - до вибору варіанту повного рішення проблеми. При перевірці прийнятого рішення негативний варіант вказує на пошук нових гіпотез і припускає повторне формулювання проблеми. При позитивній відповіді рішення є остаточним і можливий перехід до його впровадження.